FTPの使用は可能ですか（ユーザー自身でパーミッションの変更が可能かどうか)

可能です。またFTPを使いパーミッションの変更が無料でご利用になられます。
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CGIに使える言語は何ですか。

Shellスクリプト, Perl,PYTHOLONなどです。

CGIを使用したいのですが、全く知識がありません。参考リンク先などを教えていただけますか？

CGIに関しては、Yahoo JapanからリンクされているCGI関連のページが参考になるかと思います。...

CGIファイルを転送する先のディレクトリ名はcgi-bin ですか？

cgi-bin も利用可能ですがpublic_html内でしたらどこでも動作可能です。