CGIを使用したいのですが、全く知識がありません。参考リンク先などを教えていただけますか？

CGIに関しては、Yahoo JapanからリンクされているCGI関連のページが参考になるかと思います。 CGIはご自由にお使いいただけますが、サーバー上で動作するプログラムなので、比較的大きなCGIを作成されるときなどは慎重にお願いします。エラーな どを頻発させるようだと、サーバーの機能を低下させる原因になります。また、チャットなどの重いスクリプトはサーバーに負担をかける場合がありますので、 ご遠慮いただく場合がございます。ご了承ください。
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CGIに使える言語は何ですか。

Shellスクリプト, Perl,PYTHOLONなどです。

CGIファイルを転送する先のディレクトリ名はcgi-bin ですか？

cgi-bin も利用可能ですがpublic_html内でしたらどこでも動作可能です。

Perlのバージョン は何ですか？またそのパスは何ですか？

PERL　version 5.8です。 パスはともに　#!usr/bin/perl　です。